由于Protel99 SE软件的使用与Protel 98等软件不同，因此，首先简要讨论采用Protel99 SE软件进行PCB设计的流程。      

①由于Protel99 SE采用的是工程（PROJECT）数据库模式管理，在Windows下是隐含的，所以应先键立1个数据库文件用于管理所设计的电路原理图与PCB版图。      

②原理图的设计。为了可以实现网络连接，在进行原理设计之间，所用到的元器件都必须在元器件库中存在，否则，应在SCHLIB中做出所需的元器件并存入库文件中。然后，只需从元器件库中调用所需的元器件，并根据所设计的电路图进行连接即可。      

③原理图设计完成后，可形成一个网络表以备进行PCB设计时使用。      

④PCB的设计。      

a.PCB外形及尺寸的确定。根据所设计的PCB在产品的位置、空间的大小、形状以及与其它部件的配合来确定PCB的外形与尺寸。在MECHANICAL LAYER层用PLACE TRACK命令画出PCB的外形。      

b.根据SMT的要求，在PCB上制作定位孔、视眼、参考点等。      

c.元器件的制作。假如需要使用一些元器件库中不存在的特殊元器件，则在布局之前需先进行元器件的制作。在Protel99 SE中制作元器件的过程比较简单，选择“DESIGN”菜单中的“MAKE LIBRARY”命令后就进入了元器件制作窗口，再选择“TOOL”菜单中的“NEW COMPONENT”命令就可以进行元器件的设计。这时只需根据实际元器件的形状、大小等在TOP LAYER层以PLACE PAD等命令在一定的位置画出相应的焊盘并编辑成所需的焊盘（包括焊盘形状、大小、内径尺寸及角度等，另外还应标出焊盘相应的引脚名），然后以PLACE TRACK命令在TOP OVERLAYER层中画出元器件的最大外形，取一个元器件名存入元器件库中即可。      

d.元器件制作完成后，进行布局及布线，这两部分在下面具体进行讨论。      

e.以上过程完成后必须进行检查。这一方面包括电路原理的检查，另一方面还必须检查相互间的匹配及装配问题。电路原理的检查可以人工检查，也可以采用网络自动检查（原理图形成的网络与PCB形成的网络进行比较即可）。      

f.检查无误后，对文件进行存档、输出。在Protel99 SE中必须使用“FILE”选项中的“EXPORT”命令，把文件存放到指定的路径与文件中（“IMPORT”命令则是把某一文件调入到Protel99 SE中）。

注：在Protel99 SE中“FILE”选项中的“SAVE COPY AS…”命令执行后，所选取的文件名在Windows 98中是不可见的，所以在资源管理器中是看不到该文件的。这与Protel 98中的“SAVE AS…”功能不完全一样。